HighFold 1 到 4，环肽预测走到了“键级别”
我最近把 HighFold 1 到 4 连着看了一遍。四篇文章从 2024 年排到 2026 年，题目都围绕环肽结构预测，读起来很像同一个团队在持续修一处老问题。
蛋白设计肽类设计
FIELD NOTES / ESSAY ARCHIVE
中文文章
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蛋白语言模型学会了什么，NC上刚刚发表的MotifAE 试着把它翻译出来
这篇 MotifAE 论文已于 2026 年 9 月 2 日以 Early Access 形式上线 Natur
蛋白设计蛋白语言模型
环肽 binder 项目复盘：一个参数让 RMSD 从 40 Å 掉到 1 Å，但我并不推荐这么用
一、问题不是从论文里来的，是从数据里来的 上个月我在跑 TFR1 的环肽 binder 项目，流程走到 TFR1_binder_bicyclic2 这一步时，我打开 afcyc_score_results.sc ，第一眼……
蛋白设计肽类设计
PEPstrMOD2：把 AlphaFold、AMBER 和分子动力学接起来，专攻化学修饰肽结构预测
当肽药物越来越依赖非天然氨基酸、PTM 和环化设计，结构预测工具也必须升级了。肽类药物正在成为药物研发里越来越重要的一类分子。
蛋白设计结构预测肽类设计
ESM 蛋白质 AI 工具箱实战指南：从理解序列到设计全新蛋白
本文基于 ESM (Evolutionary Scale Modeling) 官方代码库的最新 cookboo
蛋白设计工具教程蛋白语言模型
NVIDIA的野心：用“生成+搜索”重塑蛋白质设计
今天带来一项重磅科研突破——NVIDIA联合牛津、剑桥、杜克大学、LMU Munich、Manifold Bio等顶尖机构，最新发布了 Proteina-Complexa 论文 Latent Generative Sea……
蛋白设计
AlphaFold3 的“幻觉”变身蛋白设计神器：HalluDesign
近年来，AlphaFold3将蛋白质结构预测推向了“原子级精度”时代。但随之而来的是两个更深层的问题：如此强大的预测能力，能否突破“预测”的边界，直接用于“设计”新蛋白质？又能否摆脱传统依赖，无需微调、无需反向传播，就实……
蛋白设计结构预测
5篇最新AI抗菌肽生成论文，一次看完！
面对 多重耐药（MDR）细菌 的全球性威胁，传统抗生素逐渐失效，而 抗菌肽（AMPs） 凭借其天然广谱抗菌活性与独特作用机制，成为最具潜力的“下一代抗生素”候选。然而，传统筛选方法效率低、成本高，严重制约其开发进程。在这……
蛋白设计肽类设计
BoltzGen：纳米抗体、蛋白、线性肽、环肽、无序区、小分子……一模型通吃！
66% 全新靶点 nM 级结合 | 全原子生成 + SOTA 折叠 | 8 大湿实验闭环 | 完全开源
蛋白设计肽类设计设计工具
AI革命肽药时代：PepMimic如何用界面模拟重塑未来？
清华大学团队 团队于《Nature Biomedical Engineering》上发表题为《Peptide design through binding interface mimicry with PepMimic》……
蛋白设计肽类设计
解锁 Alphafold3 网页版：批量预测蛋白结构，并精准解读结果
AlphaFold 3 是由 Google DeepMind 和 Isomorphic Labs 联合开发的革命性人工智能模型，代表了计算结构生物学的一次巨大飞跃。它不仅仅是对前代模型的简单升级，而是一次根本性的范式转变……
蛋白设计结构预测
真RFdiffusion下一代 ：RFdiffusion3让蛋白设计进入“原子级”时代
近年来，深度学习方法如 RFdiffusion1（RFD1）和 RFdiffusion2（RFD2）显著推动了蛋白质设计的进展，能够直接生成蛋白质单体、复合物以及结合蛋白。然而，这些方法大多仍局限于“氨基酸残基”级别的表……
蛋白设计RFdiffusion
ColabDesign 的介绍与使用指南
ColabDesign 是由 Sergey Ovchinnikov 团队开发的一款开源蛋白质设计工具包。它集成了 AlphaFold、RoseTTAFold、TrRosetta 和 ProteinMPNN 等前沿算法，并……
蛋白设计设计工具工具教程
终登Nature：深度解析蛋白设计黑科技BindCraft的原理与使用指南
近日，一项发表于《Nature》的重磅研究《One-shot design of functional pro
蛋白设计设计工具工具教程
RAPiDock：AI驱动蛋白质-肽对接新突破，准确率飙升13.4%，速度快270倍！
今天我们要介绍的是发表在《Nature Machine Intelligence》上的一项突破性研究——《Protein–peptide docking with a rational and accurate diff……
蛋白设计肽类设计
PepMLM：用掩码语言模型设计靶向高亲和力肽
PepMLM是杜克大学Pranam Chatterjee团队在《Nature Biotechnology》最新报道的一种创新AI模型，它通过整合蛋白质语言模型（pLM）和掩码语言建模（MLM）技术，实现了仅需靶蛋白序列即……
蛋白设计肽类设计蛋白语言模型
三篇Science重磅文章：RFdiffusion将天赋带到个性化免疫治疗
2025年7月25日，《Science》同期刊发三篇重磅研究，首次系统性展示 AI驱动的pMHC靶向蛋白设计 如何推动癌症免疫治疗走向精准化、个性化。长期以来，科学家在开发靶向肿瘤抗原的“分子导弹”时面临两大难题： MH……
蛋白设计RFdiffusion前沿论文
LigandMPNN：专为蛋白质-配体结合优化的AI设计工具
Baker他们预印发了这么久，现在也是终于见刊了 LigandMPNN是一种基于深度学习的蛋白质序列设计工具，主要用于 蛋白质-配体结合位点的序列设计 。在与小分子（LigandMPNN: 63.3% vs Rosett……
蛋白设计设计工具
一文看懂AlphaFold2&3输出结果的json文件内容
2024年诺贝尔化学奖揭晓，一半授予大卫·贝克（David Baker），以表彰他在计算蛋白质设计领域的卓越贡献；另一半则由德米斯·哈萨比斯（Demis Hassabis）和约翰·M·詹珀（John M. Jumper）……
蛋白设计结构预测工具教程